Η εκτομή της ενδομητρίωσης πρέπει να γίνεται λαπαροσκοπικά σε σχεδόν όλες τις περιπτώσεις. Ο κυριότερος λόγος είναι ότι η εικόνα μέσω του λαπαροσκοπίου είναι εξαιρετικά καθαρή και επιτρέπει την εξέταση όλων των εστιών ενδομητρίωσης, εφόσον η πάθηση είναι συχνά πολυεστιακή.
Η άριστη αυτή εικόνα και οι χειρισμοί ακριβείας που γίνονται λαπαροσκοπικά επιτρέπουν στον χειρουργό να αφαιρέσει το μέγιστο δυνατό της νόσου με τη μεγαλύτερη δυνατή ασφάλεια και να διαφυλάξει ιστούς όπως νευρικά πλέγματα χρήσιμα στη λειτουργία της ουροδόχου κύστης και του εντέρου.
Ακόμα και σε πολύ μικρού βαθμού ενδομητρίωση, η εκτομή της οδηγεί σε υποχώρηση του πόνου που αυτή προκαλεί και σε βελτίωση της γονιμότητας. Έτσι η μοναδική ουσιαστική θεραπεία της ενδομητρίωσης είναι η χειρουργική – λαπαροσκοπική της εκτομή.